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Proteomik Plattform - Core Facility (ProtCF)
Die Proteomik Plattform ProtCF unterstützt die Massenspektrometrie-basierte Proteomforschung. ProtCF ist entstanden aus einer
gemeinsamen Initiative des Instituts für Klinische Pathologie (IKP) und des Instituts für Molekulare Medizin und Zellforschung
(IMMZ) der Medizinischen Fakultät der Universität Freiburg. ProtCF steht natürlich über die Medizinsiche Fakultät hinaus Nutzern
offen.
ProtCF unterstützt folgende Felder der Proteomik:
(1) explorative Identifizierung und vergleichende Quantifizierung
der Proteomzusammensetzung komplexer biologischer Systeme wie Zellen, Gewebe und Körperflüssigkeiten;
(2) "targeted" Proteomik
("single/multiple reaction monitoring") zu vorausgewählten Proteinen aus komplexen Proteomen mitsamt der Möglichkeit zur absoluten
Quantifizierung;
(3) ortsaufgelöste Proteomik ("Maldi Imaging").
Das Serviceangebot der ProtCF schliest auch die Projektplanung
ein sowie, falls gewünscht, die Probenvorbereitung und Datenauswertung.
Zu den Spezialfeldern der ProtCF zählt die proteomische
Analyse aus Formalin-fixiertem, Paraffin-eingebettetem Material und sog. "degradomische" Ansätze zur Untersuchung der Substrate
und Spezifität von proteolytischen Enzymen.
Adresse: Breisacher Strasse 115a
79106 Freiburg
Baden-Württemberg
Deutschland
Zur Webseite
79106 Freiburg
Baden-Württemberg
Deutschland
Zur Webseite
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Träger
Universitätsklinikum Freiburg
Hugstetter Strasse 55
79106 Freiburg
Baden-Württemberg
Deutschland
https://www.uniklinik-freiburg.de
Hugstetter Strasse 55
79106 Freiburg
Baden-Württemberg
Deutschland
https://www.uniklinik-freiburg.de
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Wissenschaftsgebiet
Hauptgebiete:
- Biologie
- Medizin
Nebengebiete:
- Chemie
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Kategorie
Genomics-, Transcriptomics-, Proteomics, Metabolomics-Einrichtungen
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Wissenschaftliche Dienstleistungen
1) Identifizierung von Proteinen und Peptiden mittels Flüssigchromatographie -Elektrospray Tandem Massenspektrometrie (engl.
LC-MS/MS) oder MALDI-MS
2) Vergleichende Quantifizierung (explorativ) mit den folgenden Verfahren: Labelfrei ("LFQ"), metabolisches
labeln ("SILAC") oder chemisches Labeln (Dimethylierung oder Tandem Mass Tags)
3) Data-independent acquisition (DIA) Proteomik
insbes. für explorative Kohortenstudien
4) Targeted Proteomik: Gezielte Untersuchung (inkl. Quantifizierung) von Peptid- und
Protein-panels mittels Single/Multiple Reaction Monitoring bzw. Parallel Reaction Monitoring
5) Ortsaufgelöste, explorative
Proteomik ("MALDI Imaging")
6) N-terminomik für Untersuchung von Proteasen
7) Für alle vorgenannten Arten der Proteomik: Probenvorbereitung
(gel-basiert oder gel-frei) auch inkl. chromatographischer Vorfraktionierung
8) Datenanalyse mit MaxQuant, Trans Proteomic
Pipeline oder OpenMS für explorative Proteomik; Skyline bzw OpenSwath für targeted Proteomik bzw. DIA; Cardinal für Maldi
Imaging
9) Schulungen und Training zur Proteomik insbesondere für naturwissenschaftliche und medizinische Doktoranden bzw.
post-graduierte Wissenschaftler
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Wissenschaftliche Geräte
- Q-Exactive+ Massenspektrometer
- Fusion Lumos Tribrid Massenspektrometer
- TSQ Vantage Massenspektrometer
- Nanofluss HPLC für (1 - 3)
- AB/Sciex 4800 MALDI Massenspektrometer
- iMatrix MALDI Matrix Sprüher
- Agilent 1100 HPLC (Mikrofluss)
- UV/VIS Plattenleser
- Server (24 CPUs) zur Datenanalyse
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Schlagworte
- Proteomik
- Degradomik
- Bildgebende Massenspektrometrie
- MRM/SRM
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Netzwerke
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Nutzer/Jahr
Interne Nutzer: 10 (siehe auch mehrere beiliegende Unterstützungsschreiben)
Externe Nutzer gesamt:
Externe Nutzer in Deutschland: 4
Externe Nutzer im europ. Ausland: 3
Externe Nutzer außerhalb Europas: 1
