Die Proteomik Plattform Core Facility (ProtCF) ist am Institut für Klinische Pathologie (IKP) in Freiburg angesiedelt und unterstützt die Massenspektrometrie-basierte Proteomforschung. Die ProtCF bearbeitet Projekte aus der Medizinischen Fakultät der Universität Freiburg, weiteren Fakultäten und externen Projektpartnerschaften. Die ProtCF bietet nicht nur die reine Mess-Dienstleistung unter Verwendung neuester Methoden der Massenspektrometrie an, sondern betreut und übernimmt auf Wunsch das experimentelle Design, Probenvorbereitung, Messung, Datenanalyse, Biostatistik und Dateninterpretation. Das gängige Serviceangebot umfasst: Gel-freie Proteomanalyse unter Verwendung von Data independent acquisition (DIA) oder Data dependent acquisition (DDA), Co-IP- Analysen, Quantitative Proteomvergleiche unter Verwendung labelfreier als auch labelbasierter Quantifizierung (z.B. TMT), Identifizierung von posttranslationalen Modifikationen, Identifizierung von Proteaseschnittstellen mittels N-Terminomik, Identifizierung von Proteinen aus Gelbanden, targeted Proteomics, sowie die Proteomanalyse unterschiedlichster Proben, z.B. aus in vitro Systemen (z. B. Zellkultur) und aus in vivo Systemen (Gewebe aus Tiermodellen, Patientenproben (Frischgewebe, Urin, Serum, Liquor), kryokonserviertes Gewebe und Formalin-fixiertes, Paraffin-eingebettetes Gewebe).