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Proteomik Plattform - Core Facility (ProtCF) Als PDF speichernDruckansicht öffnen

Die Proteomik Plattform ProtCF unterstützt die Massenspektrometrie-basierte Proteomforschung. ProtCF ist entstanden aus einer gemeinsamen Initiative des Instituts für Klinische Pathologie (IKP) und des Instituts für Molekulare Medizin und Zellforschung (IMMZ) der Medizinischen Fakultät der Universität Freiburg. ProtCF steht natürlich über die Medizinsiche Fakultät hinaus Nutzern offen. ProtCF unterstützt folgende Felder der Proteomik: (1) explorative Identifizierung und vergleichende Quantifizierung der Proteomzusammensetzung komplexer biologischer Systeme wie Zellen, Gewebe und Körperflüssigkeiten; (2) "targeted" Proteomik ("single/multiple reaction monitoring") zu vorausgewählten Proteinen aus komplexen Proteomen mitsamt der Möglichkeit zur absoluten Quantifizierung; (3) ortsaufgelöste Proteomik ("Maldi Imaging"). Das Serviceangebot der ProtCF schliest auch die Projektplanung ein sowie, falls gewünscht, die Probenvorbereitung und Datenauswertung. Zu den Spezialfeldern der ProtCF zählt die proteomische Analyse aus Formalin-fixiertem, Paraffin-eingebettetem Material und sog. "degradomische" Ansätze zur Untersuchung der Substrate und Spezifität von proteolytischen Enzymen.
Adresse: Breisacher Strasse 115a
79106  Freiburg
Baden-Württemberg
Deutschland
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  • Träger

Universitätsklinikum Freiburg
Hugstetter Strasse 55
79106  Freiburg
Baden-Württemberg
Deutschland
https://www.uniklinik-freiburg.de
 

  • Wissenschaftsgebiet

Hauptgebiete:
  • Biologie
  • Medizin
Nebengebiete:
  • Chemie
 

  • Kategorie

Genomics-, Transcriptomics-, Proteomics, Metabolomics-Einrichtungen
 

  • Wissenschaftliche Dienstleistungen

1) Identifizierung von Proteinen und Peptiden mittels Flüssigchromatographie -Elektrospray Tandem Massenspektrometrie (engl. LC-MS/MS) oder MALDI-MS 2) Vergleichende Quantifizierung (explorativ) mit den folgenden Verfahren: Labelfrei ("LFQ"), metabolisches labeln ("SILAC") oder chemisches Labeln (Dimethylierung oder Tandem Mass Tags) 3) Data-independent acquisition (DIA) Proteomik insbes. für explorative Kohortenstudien 4) Targeted Proteomik: Gezielte Untersuchung (inkl. Quantifizierung) von Peptid- und Protein-panels mittels Single/Multiple Reaction Monitoring bzw. Parallel Reaction Monitoring 5) Ortsaufgelöste, explorative Proteomik ("MALDI Imaging") 6) N-terminomik für Untersuchung von Proteasen 7) Für alle vorgenannten Arten der Proteomik: Probenvorbereitung (gel-basiert oder gel-frei) auch inkl. chromatographischer Vorfraktionierung 8) Datenanalyse mit MaxQuant, Trans Proteomic Pipeline oder OpenMS für explorative Proteomik; Skyline bzw OpenSwath für targeted Proteomik bzw. DIA; Cardinal für Maldi Imaging 9) Schulungen und Training zur Proteomik insbesondere für naturwissenschaftliche und medizinische Doktoranden bzw. post-graduierte Wissenschaftler
 

  • Wissenschaftliche Geräte

  • Q-Exactive+ Massenspektrometer
  • Fusion Lumos Tribrid Massenspektrometer
  • TSQ Vantage Massenspektrometer
  • Nanofluss HPLC für (1 - 3)
  • AB/Sciex 4800 MALDI Massenspektrometer
  • iMatrix MALDI Matrix Sprüher
  • Agilent 1100 HPLC (Mikrofluss)
  • UV/VIS Plattenleser
  • Server (24 CPUs) zur Datenanalyse
 

  • Schlagworte

  • Proteomik
  • Degradomik
  • Bildgebende Massenspektrometrie
  • MRM/SRM
 

  • Netzwerke

 

  • Nutzer/Jahr

Interne Nutzer: 10 (siehe auch mehrere beiliegende Unterstützungsschreiben)
Externe Nutzer gesamt:
Externe Nutzer in Deutschland: 4
Externe Nutzer im europ. Ausland: 3
Externe Nutzer außerhalb Europas: 1
 
 
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