Das Zentrallabor für Proteinanalytik wurde im Jahr 2002 als gemeinsame Forschungseinrichtung von vier Sonderforschungsbereichen (SFB413, 594, 596 und TR5) gegründet und hat sich durch einen kontinuierlichen Ausbau der Infrastruktur zur ersten "Core Facility" des neugegründeten Biomedizinischen Zentrums (BMC) weiterentwickelt. Das ZfP erhebt Nutzungsgebühren um die Betriebskosten teilweise gegenzufinanzieren. Im November 2012 betreibt das ZfP vier Massenspektrometer (ein MALDI-TOF, ein Quadrupol-TOF und zwei hochauflösende Orbitraps, die an zwei Nano-HPLCs gekoppelt sind und im LC MS Modus betrieben werden), ein Kapillarelektrophoresesystem, ein Gerät zur isoelektrischen Fokussierung und eine Kapillar HPLC system zur Probenvorbereitung. Die Datenanalyse wird von Mitarbeitern des ZfP mit Hilfe von unterschiedlichen Suchprogrammen durchgeführt, die je nach Fragestellung von den ZfP Mitarbeitern und den beteiligten Wissenschaftlern gemeinsam ausgewählt werden. Das ZfP ist seit Ende 2015 im Biomedizinischen Centrum der LMU in Martinsried-Großhadern zu finden.