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DataPLANT Research Data Management and Publication Platform (ARChub) (ARChub)


Die DataPLANT Research Data Management and Publication Platform (ARChub) ist eine auf der Cloud- und Speicherinfrastrukturen
aufbauender Forschungsdatenmanagement-Dienst, der als universelles Science‑Gateway die Zusammenarbeit von Einzel‑ über Labor‑
bis hin zu interdisziplinären Forschungsgruppen auf Basis des Annotated Research Contexts unterstützt. Es kombiniert die Open
Source Frameworks GitLab und InvenioRDM in einer für das FDM angepassten Form mit verschiedenen Workflow-Systemen (der Bio-Informatik),
wie beispielsweise Galaxy.
Durch die eingebaute Git‑Versionierung, Issue‑Tracking, CI/CD und Workflow-Integration ermöglicht
der ARChub lückenloses Provenienz‑Tracking, verlässliches Teilen von Forschungsdaten und ein simples Projekt‑Management, das
den gesamten Daten‑Lebenszyklus (Erzeugung, Annotation, Versionierung, Veröffentlichung) abdeckt. Die Anbindung an darunterliegende
stabile Speichersysteme liefert eine skalierbaren, gesicherte Grundlage für große Datensätze, während die integrierten REST‑
und Web‑Hooks eine nahtlose Einbindung in bestehende Forschungs‑Workflows und automatisierte Daten‑Pipelines erlauben. InvenioRDM
ist eine weitverbreitete Datenpublikationsplattform, die am CERN entwickelt wird und als Grundlage für die mit persistenten
Identifiern (DOI) veröffentlichten Datensätze dient. Die cloud-basierte Plattform ist offen angelegt, so dass neben Galaxy
weitere Workflow-Systeme integriert werden können.
Adresse: Hermann-Herder-Str. 10
79104 Freiburg
Baden-Württemberg
Deutschland
Zur Webseite
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Baden-Württemberg
Deutschland
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Träger
Universität Freiburg
Friedrichstraße 39
79098 Freiburg
Baden-Württemberg
Deutschland
https://uni-freiburg.de/
Friedrichstraße 39
79098 Freiburg
Baden-Württemberg
Deutschland
https://uni-freiburg.de/
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Wissenschaftsgebiet
Hauptgebiete:
- Biologie
- Agrar-, Forstwissenschaften, Gartenbau und Tiermedizin
Nebengebiete:
- Medizin
- Geowissenschaften (einschl. Geographie)
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Kategorie
Forschungsdaten-Repositorien
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Wissenschaftliche Dienstleistungen
1. Bereitstellung einer stabilen und langfristigen Speicherplattform für (größe) Datenmengen im Terabyte++ Bereich
2. Betrieb
einer Datenmanagement- und Datenpublikationsplattform mit Zugang über (Community) AAI
3. Vergabe, Registrierung und Auflösung
langfristiger persistenter Identifier (DOI) (für ARC RO-Crates)
4. Bereitstellung von APIs für komplexe Suchen, AI-Anbindung,
Datenföderation
5. Anbindung an Workflow-Systeme wie Galaxy, Unterstützung bei Anbindung an weitere Infrastrukturen
6. Ausbildung
und Training: Einführung in die Nutzung der Plattform, Trainings zum Forschungsdatenmanagement auf Basis des Annotated Research
Contexts, Beratung zum Datenmanagement, Datenveröffentlichung und -nachnutzung, Beratung zur Datenaufbereitung, -paketierung,
Datensparsamkeit, Lizenzen
7. Supportangebote:
* Erstellung einer projektspezifischen Arbeitsumgebung und langfristige
Ausgestaltung
* Einbindung von Labor- und arbeitsgruppenspezifischen Workflows
* Einbindung neuer Analysetools (in
Galaxy oder weiteren Workflow-Systemen)
* Unterstützung beim Qualitätsmanagement der Daten und deren Veröffentlichung
* Nutzung und Weiterentwicklung des ARC-Schemas für eigene Anwendung
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Wissenschaftliche Geräte
- bwSFS-Speichersystem: Netzwerk-Shares und Storage-Grid (S3)
- de.NBI-Infrastruktur (Server für Galaxy-Workflows)
- bwCloud (Virtuelle Maschinen für (Micro-)Services)
- Virtualisierungs-Cluster
- HPC System
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Schlagworte
- Datenmanagementplattform
- Datenpublikationssystem
- Galaxy Workflows
- Annotated Research Context
- ARC RO-crate
- Bioinformatische Tools
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Netzwerke
NFDI-Konsortium DataPLANT
https://nfdi4plants.org/
https://nfdi4plants.org/
de.NBI - Deutsches Netzwerk Bioinformatik
https://www.denbi.de/
https://www.denbi.de/
Galaxy Europe
https://usegalaxy.eu/
https://usegalaxy.eu/
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Nutzer/Jahr
Interne Nutzer: ~ 30
Externe Nutzer gesamt: ~60
Externe Nutzer in Deutschland: 50+
Externe Nutzer im europ. Ausland: ~5
Externe Nutzer außerhalb Europas:

