Der Fokus unserer Mikrobiomlabors liegt auf der Identifizierung genetischer und nicht-genetischer Faktoren, die das Mikrobiom formen. Multi-OMICs-Studien, die mikrobielle Profile, metabolische, genetische, phänotypische und ernährungsbezogene Daten integrieren, werden hier unter standardisierten Hochdurchsatzmethoden durchgeführt um relevante Faktoren und Mechanismen zu identifizieren. Das Mikrobiomlabor am Institut für Klinische Molekularbiologie der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel und dem Universitätsklinikum Schleswig-Holstein hat Methoden zur Bestimmung des Bakterienreichtums und der ASVs in einer gegebenen Probe etabliert (Wer ist da? 16S rDNA Hochdurchsatzsequenzierung). Darüber hinaus bieten wir Metagenom- (Wer ist da und was machen sie?) und Metatranskriptom-Sequenzierung (Wer ist da und welche zellulären Prozesse führen sie aus?) auf Illumina MiSeq- und NovaSeq-Geräten an. Zudem wurde eine Pipeline für die Genomsequenzierung einzelner Bakterien und den Nachweis ihrer genetischen Variation etabliert, z.B. für die Identfizierung von Resistenzgenen. Wir bieten zudem ein breites Portfolio an Extraktionsmethoden für verschiedene Probentypen (Stuhl, Abstriche, Boden), die von unterschiedlichen Wirten und Umgebungen stammen, und die Analysewerkzeuge sind skalierbar, teilweise automatisiert und in Experimenten von wenigen Beobachtungspunkten bis hin zu größeren Kohorten mit Tausenden von Patienten einsetzbar.