Die MCF beinhaltet Systeme aus den Bereichen der Fluoreszenz- und Durchlichtmikroskopie und der Konfokalmikroskopie. Aktuell sind die Hauptanwender Arbeitsgruppen der Neurowissenschaften. Freie Kapazitäten werden je nach Verfügbarkeit von anderen Arbeitsgruppen der Charité oder Externen genutzt. Langfristig soll die MCF allen Gruppen der Charité und externen Gruppen zur Verfügung stehen. Detaillierte Informationen zur MCF befinden sich auf den Webseiten https://nwfz.charite.de/en/microscopy_core_facility/ und https://neurocure.de/microscope-facility-205.html. Sie beinhaltet die technische Beschreibung der einzelnen Systeme, allgemeine Hinweise zur Mikroskopie, eine Reservierungsmöglichkeit und Kontakte. In den Kernzeiten befindet sich vor Ort eine technisch-operative Leitung, die eine Beratung zur Probenwahl, Bildaufnahme und -analyse, Datenverarbeitung, und die effiziente Nutzung von hochmodernen Mikroskopiersystemen garantiert. Vor der selbständigen Arbeit an einem System erfolgt eine ausführliche Einführung in das Mikroskopiersystem. Eine Nutzerordnung inklusiv einem Leistungskatalog und Preise liegen online vor. Eine jährliche Unterweisung zum Arbeiten mit Lasern ist für alle Nutzer Pflicht.